В первом томе серии .hack//Liminality рассказывается о японской школьнице по имени Май Минасе и её друге Томонари Касуми, которые теряют сознание во время игры в онлайн-компьютерную игру и попадают в больницу. Май удаётся прийти в себя, однако Томонари остаётся в коматозном состоянии. После инцидента, по пути в школу, Май встречает мужчину по имени Дзюничиро Токуока, который утверждает, что знает причину, по которой её друг оказался в коме. Сначала Май скептически относится к его словам, не веря в их правдивость. Однако вскоре ей становится ясно, что у неё нет другого выбора, кроме как довериться Токуоке. Она начинает собственное расследование, пытаясь выяснить, каким образом популярная онлайн-игра "Мир" могла повлиять на состояние Томонари.

Сюжет разворачивается в атмосфере загадки и напряжения, где главные герои сталкиваются с множеством препятствий на пути к раскрытию правды. Май и Токуока погружаются в мир виртуальной реальности, где им предстоит разгадать сложные головоломки и найти подсказки, которые могут помочь вернуть Томонари к жизни. В процессе своего поиска они сталкиваются с различными персонажами и ситуациями, которые заставляют их переосмыслить границы между реальностью и виртуальным миром.