События фильма будут происходить в 1945 году, спустя шесть лет после начала вторжения пришельцев. Лишившаяся своих способностей Йошика Мияфуджи не отчаивается и выбрала для себя новый путь: теперь она учится на врача. Однако она поспешила начать свою жизнь с чистого листа. Совсем скоро её вернут для продолжения обучения за границей. Об этом сообщили курсантке Имперского Флота Шизуке Хаттори. Напомним, что повествование во франшизе сосредоточено на альтернативной истории прошлого. В 1939 году не началась Вторая мировая война. Однако мир и спокойствие всё равно только снятся. Земля подверглась нападению инопланетян, так называемых Нейрой. Космические захватчики обладают огромной силой и привычные боевые орудия практически не наносят им урон. Единственный шанс справиться с захватчиками – это отряд юных ведьм. Только они способны управлять новейшим оружием, при создании которого использовались как технологии, так и магия. Девушек, обладающими магическими способностями, отправляют на обучение в академию. И уже в скором времени ведьмы вступают в бой.