В произведении, действие которого разворачивается в мире Соль Сиэль, представлены две парящие острова, соединенные величественной Башней Ар-Тонэлико. Когда-то здесь существовала процветающая цивилизация, находившаяся под покровительством богинь Трио Элемии. Однако с течением времени мир столкнулся с двумя катастрофами, которые привели к его разрушению. Первая катастрофа унесла с собой большую часть земель и небес, а вторая уничтожила высокоразвитую цивилизацию. Теперь, в третью эпоху, над миром нависла новая угроза.

Вирусы, возникшие в Алтаре Апостолов, начали проявляться в физической форме, принимая облик чудовищ, способных уничтожить все живое. На верхних уровнях Башни расположено город Платина, где обитают Рыцари Элемии, чья задача заключается в контроле за вспышками вирусов и защите Башни. Главным героем истории является Лайнер Барсетт, который отправляется в опасное путешествие в поисках Гимнального Кристалла — артефакта, способного спасти как Башню Ар-Тонэлико, так и весь мир от надвигающейся катастрофы.

Произведение сочетает в себе элементы фэнтези и приключений, погружая читателя в уникальную атмосферу, полную загадок и испытаний. Сюжет наполнен глубокими темами, исследующими взаимодействие между людьми и божественными сущностями, а также последствиями технологического прогресса. Каждый персонаж имеет свою историю и мотивацию, что добавляет многослойности и глубины в повествование.