Тэцуро, мальчик из захолустного городка, попадает в центр ультрасовременного города, где находится планетарная станция «Мегаполис». От этой станции отходит Галактический экспресс 999, на который пытается попасть Тэцуро. Он крадет билет и его пытается поймать полиция механических людей. Неожиданно Тэцуро спасает таинственная Мейтел, с которой он будет вместе путешествовать на экспрессе. Мальчик хочет отомстить механическим людям, в частности графу Мекке, за смерть матери, убитой во время охоты на людей.