После того как Рёма Нагаре оказался в тюрьме по ложному обвинению в убийстве создателя Getter Robo, доктора Саотомэ, ему вновь предстоит объединиться с бывшими товарищами. Их цель — управлять Getter Robo, когда Саотомэ, вернувшись из мёртвых, угрожает человечеству, выпуская на свободу своё величайшее творение — Шин Дракона. Несмотря на все усилия, команда не может предотвратить катастрофу: ядерная ракета поражает Шин Дракона, что приводит к катастрофическому загрязнению планеты радиацией и уничтожает 99% населения.

Прошло тринадцать лет с тех пор, как мир погрузился в хаос. Человечество продолжает борьбу за выживание против инопланетных захватчиков. Из остатков ядерного взрыва появляется Шин Геттер, которым управляет искусственный человек по имени Го. Вместе с остатками японской армии и своими со-пилотами Кэем и Гаем, Го должен использовать Шин Геттер, чтобы окончательно покончить с инвазией и вернуть надежду на будущее для оставшихся в живых. В этом напряжённом противостоянии на кону стоит не только выживание, но и судьба всего человечества.