В одном из регионов Японии произошла необычная восстание, которое привело к разрушению цивилизации и отделению этой территории от материковой части страны. Этот район стал известен как "Потерянная Земля". Со временем некоторые жители смогли создать новый город в одном из уголков Потерянной Земли и окружить его защитным барьером, чтобы оградить себя от бедствующих обитателей окружающих пустошей. Однако в этом регионе начало проявляться новое явление — Альтер, способность изменять материю на атомном уровне. Люди, обладающие Альтер-полномочиями, стали известны как Пользователи Альтер, а те, кто жил за пределами города и злоупотреблял своими способностями, получили название "Коренные". Для контроля над Коренными Пользователями Альтер была создана полиция под названием HOLD. Позже была сформирована её подразделение HOLY, состоящее в основном из законопослушных Пользователей Альтер. Тем не менее, контроль HOLD и HOLY над Потерянной Землёй стал всё более жестоким, что привело к фактическому порабощению населения пустошей.

В центре событий оказывается Казума — безрассудный и вспыльчивый Коренной, который живёт с маленькой девочкой по имени Канами. Казума едва сводит концы с концами, работая на ферме и выполняя поручения своего друга Кимисимы. Однако вскоре он оказывается втянутым в конфликт с HOLY и начинает яростное соперничество с Рюхо, одним из высокопоставленных офицеров этой организации. Вопрос о истинных намерениях HOLY и её лидера становится всё более актуальным, и Казума вынужден искать ответы в условиях нарастающего напряжения и борьбы за выживание.