Сюжет вращается вокруг молодой девушки по имени Мирай Озора, живущей в Токио 2045 года. Глядя на увлечённую своими любимыми занятиями — шоппингом и конкурсами красоты, Мирай трудно представить, что её старший брат Хироши — гениальный изобретатель, работающий на ZIC, одну из крупнейших технологических корпораций в мире. Все начинается с того что Хироши изобретает «Мол-Unit», устройство, позволяющее человеку существовать далеко за пределами нормальных законов физики. Полёт, суперскорость и сверхсила, неуязвимость, вот неполный список возможностей Мол-Unit`а. Единственное ограничение, однако, заключается в том, что он работает в течение ограниченного времени — всего лишь 666 секунд (чуть более 11 минут). Такое устройство могло бы изменить весь мир, но Хироши изобрёл его не столько для мира, сколько для того, чтобы потешить собственное эго. Используя возможности, даруемые «Мол-Unit`ом», Хироши становится супергероем — «Капитаном Токио». После своего дебюта под маской «Капитана Токио», Хироши распирает гордость, он же стал сенсацией в прессе! Однако, дальше всё пошло не так как он запланировал. Мирай случайно обнаруживает «Мол-Unit»...