В данном произведении Годзилла сталкивается с двумя новыми угрозами, которые ставят под сомнение его доминирование. Первая из них — это Могера, высокотехнологичная машина, созданная при поддержке ООН, предназначенная для борьбы с гигантскими монстрами. Вторая угроза исходит от СпэйсГодзиллы, загадочного существа, возникшего из частиц самого Годзиллы, которые были унесены в космос. Это столкновение не только проверяет силу и выносливость Годзиллы, но и ставит перед ним новые вызовы, требующие не только физической мощи, но и стратегического мышления. В результате, зрители становятся свидетелями эпических сражений, в которых сталкиваются технологии и природа, а также исследуются темы происхождения и эволюции.