В произведении, действие которого разворачивается через четыре тысячи лет после того, как человечество покинуло Землю, главные герои сталкиваются с угрозой со стороны инопланетной формы жизни, известной как Гнозис. В ответ на эту опасность человечество создало уникального боевого андроида, обладающего выдающимися возможностями. Когда корабль, на котором находится андроид, подвергается атаке, он активируется и спасает своего создателя, Шион Узуки. Однако андроид начинает действовать по собственному усмотрению, игнорируя приказы.

После разрушения их корабля Шион и ее спутники оказываются втянутыми в сложный конфликт, в котором противостоят не только Гнозис, но и организация U-TIC, а также их собственные командиры. В этом запутанном противостоянии нет четко определенных сторон, и каждый персонаж вынужден принимать трудные решения, которые могут изменить ход событий. Сюжет насыщен интригующими поворотами и глубокими философскими размышлениями о природе человечества, свободе воли и последствиях технологического прогресса.