В произведении рассказывается о жизни группы женщин, известных как Синие Русалки, которые обучены управлению военно-морскими судами с целью защиты международного мира и ликвидации морских катастроф. Главная героиня, пятнадцатилетняя девушка по имени Мисаки Акено, мечтает стать частью этой элитной группы. Для достижения своей цели она поступает в школу для девушек в Йокосуке, где становится капитаном корабля "Харэказе", а её одноклассницы составляют её команду.

Однако в первый день учёбы их ждет неожиданное испытание: на них нападает корабль их инструктора, и девушкам приходится защищаться. Это событие приводит к тому, что они становятся объектом преследования со стороны властей за мятеж. Ситуация осложняется, когда выясняется, что и другие корабли их школы также восстали. Теперь Мисаки и её команда должны разобраться в происходящем, находясь в бегах, и раскрыть тайны, стоящие за этим инцидентом. Произведение сочетает в себе элементы приключений, дружбы и борьбы за справедливость, погружая читателя в захватывающий морской мир.