Сериал "Военная разведка: Первый удар" является предысторией к первой сезону "Военная разведка: Западный фронт" и охватывает первые месяцы Великой Отечественной войны, а также операции разведчиков в 1941-1942 годах. В центре сюжета находится реализация плана вторжения, известного под кодовым названием «Барбаросса». Немецкие войска стремительно продвигаются по захваченным советским территориям, и нашим героям предстоит столкнуться с множеством трудностей.

Одной из ключевых задач становится спасение ученых и их семей, которые оказались в плену во время летних каникул. Это задание оказывается практически невыполнимым, так как необходимо не только освободить людей, но и уничтожить военный завод, захваченный немцами. Возвращение советского гражданина из тыла противника становится настоящей психологической игрой, где важно не только вернуть его, но и сохранить его репутацию.

В одном из эпизодов разведчики сталкиваются с задачей подрыва экономической политики нацистов, навязанной оккупированным территориям. В ходе этой миссии им предстоит не только уничтожить «золотую» партию рейхсмарок, но и устранить ключевую фигуру, стоящую за новыми экономическими концепциями — гауляйтера Белоруссии. Как и прежде, разведчики будут противостоять сложным врагам и казалось бы невыполнимым задачам, но благодаря своей смелости, находчивости и дружбе они преодолевают все преграды и успешно справляются с "особыми делами".