В далеком будущем, спустя тысячу лет после катастрофы, уничтожившей Землю, человечество обитает на гигантских космических кораблях. Один из таких кораблей — Сидония, представляющий собой сложную экосистему, где люди пытаются сохранить свою культуру и образ жизни в условиях космоса. Для защиты от угроз, исходящих от колоссальных инопланетных существ, известный как Гауна, на борту корабля разработаны мощные экзоскелеты, управляемые пилотами. Эти экзоскелеты, называемые Гардес, играют ключевую роль в обороне и выживании человечества, позволяя его защитникам сражаться с врагами, которые угрожают их существованию. В условиях постоянной опасности и ограниченного пространства, жители Сидонии сталкиваются с множеством вызовов, включая внутренние конфликты, моральные дилеммы и необходимость адаптации к новым условиям жизни.