В произведении, действие которого разворачивается спустя три года после завершения предыдущей истории, главный герой Рё работает инженером в NASA, участвуя в масштабном проекте по созданию ракеты. Его возлюбленная Анисе, также являющаяся боргменом, оказалась в непростой ситуации, работая в ресторане. Когда ей поступает предложение о работе в крупном японском высокотехнологичном проекте, она не раздумывая принимает его, в то время как Рё продолжает колебаться и в итоге остается в США.

Тем временем, третий боргмен Чак Суэйгер, работающий полицейским, сталкивается с необычной ситуацией, когда его девушка Мики становится свидетелем конфликта между несколькими киборгами. Чак сначала не верит в возможность существования новых киборгов, кроме них троих, но Мики убеждает его заняться расследованием. Анисе, прибыв в Японию для новой работы, вскоре встречается с Чаком и Мики, и они обсуждают странные события, происходящие вокруг проекта "Небесные врата". Анисе решает взять на себя риск и провести собственное расследование, чтобы выяснить источник появления новых киборгов.

Тем временем Рё, решивший отправиться в Японию, чтобы найти Анисе, берет с собой Хуссана, одного из оставшихся исследователей проекта Боргмен, который должен помочь полиции Токио в расследовании. С приближением всех ключевых персонажей к месту действия, ситуация начинает усложняться, и на горизонте появляются новые угрозы и загадки, требующие смелости и решительности.